پژوهشكده هوافضا در تاریخ ۱۳۷۵/۳/۲۴ طبق موافقت اصولی شورای گسترش آموزش عالی به منظور انجام تحقیقات هوافضایی، توسط وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و با ابلاغ وزیر وقت پایهگذاری شد و سپس در تاریخ ۱۳۷۷/۹/۱۸ موافقت قطعی آن صادر گردید؛ متعاقباً، به استناد مصوبه شماره ۷۷۶۵/۲۲ مورخ ۱۳۸۳/۱۰/۲۷ شورای گسترش آموزش عالی موافقت قطعی مبنی بر ارتقاء پژوهشكده به پژوهشگاه صورت پذیرفت.لازم به ذکر است برطبق مصوبه مورخ ۱۳۸۹/۷/۷ شورای عالی اداری بمنظور ارتقاء فعالیتهای فضایی، با ادغام پژوهشکده جهادکشاورزی در پژوهشگاه هوافضا، به سازمان فضایی وابسته و در زیرمجموعه نهادریاست جمهوری قرار گرفت. درنهایت، بموجب مصوبه مورخ ۱۳۹۳/۱۱/۸ شورای عالی اداری که توسط ریاست جمهور محترم ابلاغ گردید، مجدداً به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منتقل و براساس مصوبه شورای گسترش آموزش عالی مورخ ۱۳۹۴/۳/۹ و با انتزاع مجدداً ، به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری انتقال یافت و بصورت قطعی، پژوهشگاه هوافضا بازتاسیس شد.
ریاست پژوهشگاه هوافضا بر عهده آقای دکتر فتح¬اله امی می باشد. این پژوهشگاه دارای دو معاونت پژوهشی و اجرایی است.