دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء بهبهان فعالیت آموزشی و پژوهشی خود را در سال 1376 با پذیرش 25 نفر دانشجو در رشته مهندسی منابع طبیعی و در مقطع کارشناسی، به عنوان یکی از واحد¬های اقماری دانشگاه شهید چمران اهواز) آغاز نمود؛ با همت خیّر فرزانه و بنام بهبهان، جناب آقای حاج محمّد جعفر بهبهانیان در سال 1378 فعالیت¬های اجرایی احداث اولین دانشکده¬ ی این دانشگاه با نام دانشکده ¬ی منابع طبیعی امام حسن مجتبی (ع) شروع و پس از تکمیل در سال 1380 نسبت به جذب و پذیرش دانشجو برای این مجموعه اقدام لازم به عمل آمد. در سال 81 كار ساخت دانشكده ي فني - مهندسي امام حسين (ع) نيز با کمک و هزينه ي جناب آقاي حاج محمّد جعفر بهبهانيان شروع شد در سال 1386 نسبت به جذب اولین دوره دانشجويان در رشته¬ هاي مهندسي برق (گرایش الكترونيك) و مهندسي عمران (گرایش عمران) اقدام شد و در تاریخ یکم دی 86 مجموعه آموزشی واحد بهبهان به مجتمع آموزش عالی بهبهان تغییر نام و ارتقاء یافت و در تاریخ یکم خرداد 90 مجتمع آموزش ¬عالی بهبهان به دانشگاه صنعتی خاتم الانبیاء بهبهان تبدیل وضعیت و تغییر عنوان داد.
ریاست فعلی دانشگاه را جناب آقای دکتر سید منصور سید نژاد بر عهده دارد و معاون پژوهش و فناوری دانشگاه بر عهده جناب آقای دکتر لطف اله عمادعلی و مدیر پژوهش و فناوری دانشگاه بر عهده جناب آقای دکتر محمد صالحی ویسی می باشد.